Embora seja apenas um meio, o processo eletrônico traz algumas mudanças significativas na gestão dos tribunais. Há uma verdadeira revolução na forma de trabalhar o processo judicial. A essa revolução deve corresponder uma revisão das rotinas e práticas tradicionais e uma adaptação à nova realidade.
A primeira grande mudança é relativa à guarda do processo. No regime tradicional, o processo judicial fica nas mãos e sob a responsabilidade do diretor de secretaria, do escrivão, do magistrado e dos advogados. Com o processo eletrônico, essa responsabilidade recai sobre quem tem a atribuição de guardar os dados da instituição - a área de tecnologia da informação.
O processo eletrônico abre a possibilidade de estar em todos os lugares. Entretanto, essa facilidade vem acompanhada da necessidade de ele estar restritamente nos lugares apropriados - as telas do magistrado, do servidor, dos advogados e das partes. Isso faz com que a área de tecnologia da informação se torne estratégica, equiparando-se, do ponto de vista organizacional, às atividades das secretarias e dos cartórios judiciais.
A segunda grande mudança deve ocorrer na distribuição do trabalho em um órgão judiciário. Em varas de primeiro grau e em órgãos que processam feitos originários, boa parte do tempo do processo é despendida na secretaria, para a realização de atos processuais determinados pelos magistrados. Suprimidas as atividades mecânicas, haverá uma atrofia de secretarias e cartórios em consequência da redução do tempo necessário para que um processo volte aos gabinetes. Estes, por sua vez, estarão repletos de processos em curto espaço de tempo. Haverá a necessidade, portanto, de deslocar a força de trabalho das secretarias e cartórios para os gabinetes dos magistrados. Essa é uma mudança que demonstra como o processo eletrônico pode levar a uma melhoria na atividade jurisdicional, já que no gabinete são produzidos os atos que justificam a existência do Judiciário.
O terceiro grande impacto ocorre na cultura estabelecida quanto à tramitação do processo judicial. Embora ainda não tenham ocorrido mudanças legislativas a respeito, é certo que o processo eletrônico, em razão de sua onipresença, dispensa práticas até hoje justificáveis e presentes nos códigos de processo, como a obrigatoriedade de formação de instrumento em recursos. Mais que isso, não haverá mais a necessidade de uma tramitação linear do processo, uma vez que, podendo ele estar em vários lugares ao mesmo tempo, retira-se qualquer justificativa para a concessão de prazos em dobro em determinadas situações. Não bastasse isso, como se verá adiante, o PJe inova substancialmente a forma de trabalho nos tribunais.
Finalmente, há o impacto do funcionamento ininterrupto do Judiciário, com possibilidade de peticionamento 24 horas por dia, 7 dias por semana, permitindo uma melhor gerência de trabalho por parte dos atores externos e internos. Além disso, essa disponibilidade possibilita que se trabalhe em qualquer lugar do mundo, a qualquer hora, o que também causará grandes modificações na forma como lidamos com o processo.